unktem wyjścia jest wrodzona, a więc zapisana w genach predyspozycja do reakcji alergicznej organizmu, czyli niewspółmiernej do bodźca odpowiedzi układu odpornościowego. Białe krwinki zaczynają wtedy wytwarzać w nadmiarze przeciwciała odpornościowe zwane immunoglobulinami, pobudzające komórki organizmu do wydzielania substancji zapalnych m.in. histaminy i leukotrienów.

Wzrastającą liczbę alergii tłumaczą inne teorie, wskazujące na interakcję genetycznych predyspozycji z niesprzyjającymi czynnikami zewnętrznymi, charakterystycznymi dla współczesnego rozwiniętego świata. Pierwsza z nich to tzw. teoria higieniczna. Dorastanie w sterylnym otoczeniu powoduje, że „znudzony” układ immunologiczny zaczyna reagować pobudzeniem i stanem zapalnym na zwykle bezpieczne bodźce, takie jak np. kurz, sierść zwierząt, pyłki roślin lub konkretne produkty żywnościowe. Druga teoria wskazuje na większy potencjał alergizujący współczesnych alergenów, spowodowany jest zanieczyszczeniem środowiska.

Dlatego w dużych miastach jest zwykle około dwa razy więcej przypadków alergii niż na wsi. Pyłek np. kwitnącej w mieście brzozy otoczony tlenkami azotu czy siarki to silniejszy alergen niż pyłek brzozy rosnącej wśród pól czy lasów. Choć alergia często ujawnia się już we wczesnym dzieciństwie, można zachorować na nią w każdym wieku.